До начала 1950-х гг. Институт под различными названиями находился в ведении государственных органов, а точнее, Совета народных комиссаров (позднее – Совета министров). В 1936 г. он был реорганизован в Башкирский научно-исследовательский институт языка и литературы, в декабре 1943 г. переименован в Башкирский научно-исследовательский институт истории, языка и литературы имени Мажита Гафури. В 1951 г. институт перешел в ведение Башкирского филиала Академии наук СССР (ныне Уфимский научный центр РАН), под, названием Институт истории, языка и литературы.