Институт прикладной экологии Севера создан в 1993 г. Постановлением президиума СО РАН от 03.02.1993 г. N 21. Приказом АН РС (Я) от 8 ноября 1994 г. N 17-ОД Институт прикладной экологии Севера принят в состав АН РС (Я). Распоряжением Правительства РФ от 8 мая 2007 г. N 575-р Институт передан в ведение Федерального агентства по образованию. На основании Приказа Минобразования РФ от 9 августа 2011 г. N 155 создано новое обособленное подразделение "Научно-исследовательский институт прикладной экологии Севера" федерального государственного автономного образовательного учреждения высшего профессионального образования "Северо-Восточный федеральный университет имени М. К. Аммосова"