Михаил Тимофеев в своем творчестве воспевал родную Якутию, ее мужественных и добрых людей, преобразующих суровый край, писал о своем поколении, которое выросло в трудные годы войны.
Его стихи тесно связаны с жизнью родного народа. Стихи о любви, верности, долге подкупают читателей свежестью и непосредственностью чувств. Повесть в стихах «Ааныс» написана онегинской строфой.
Много писал для детей. Известны его поэтические сборники: “Хартыыналар» («Картинки», 1975), «Умнубат оскуолам» («Незабываемая школа», 1985), «Чооруос дойдута» («Страна снегирей», 1995) и др.
М. Тимофеев перевел на якутский язык стихи М. Джалиля, Т. Шевченко, Токтогула, Р. Гамзатова, поэтов Монголии, Тувы, Индии, Японии и писателей малочисленных народов Севера. При этом поэт старался максимально приблизить переводы к оригиналам не только в содержательном, но и в формально-эстетическом планах. Стихи самого М.Е. Тимофеева также переведены на русский язык и на языки народов мира.
Национальная библиотека Якутии представляет тематическую подборку «Тимофеев Михаил Елисеевич». В коллекции представлена литература о жизни и творчестве поэта, его произведения и переводы.